首要的区别在于土地所有权性质的差异：
棚户区改造楼房的用地属于国家无偿划拨，是经济适用房的一个类别，上市交易必须符合特定的条件方能实现。
相较之下，商品房的建设所需用地则为开发商从国土部门购得，因而开发商有权自由定价并进行销售。
接着，在适应法律法规方面也存在差别：
对于居民房屋的拆建过程，应按照《中华人民共和国土地管理法》中的相关条例施行；
然而，因棚户区属于国有土地范畴，
因此，在处理该区域的建筑拆除问题时，应当遵守实施于国有土地之上的房屋征收及补偿条例之规定。
再者，补偿的标准亦有所不同：
棚户区改造的宗旨是城市破败、老化的居住环境加以改进，为居民提供更好的生活品质，故补偿金额相对较低；至于商品房的拆迁赔偿，则是拆迁负责人向被拆迁方所支付的赔偿，补偿金数目较前者高得多，通常与被拆迁房产的市场价值相当。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二条
为了公共利益的需要，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人（以下称被征收人）给予公平补偿。