1、根据我国相关法律规定，抵押房屋遇上拆迁的时候，抵押人需要及时通知抵押权人，双方可以可以重新设定抵押房产，也可以依法清理债权债务，解除抵押合同。
2、如果双方协商的好，如果双方能够达成书面协议的，房屋征收部门应按照双方达成的协议对该笔补偿进行处置。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第二十一条
被征收人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。被征收人选择房屋产权调换的，市、县级人民政府应当提供用于产权调换的房屋，并与被征收人计算、结清被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价。
因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进行房屋产权调换的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。