重大交通事故的调查程序为：
1、立即将所发生重大事故的情况，报告上级归口管理部门和所在地地方人民政府，并报告所在地省、自治区、直辖市人民政府和国务院归口管理部门。
2、在二十四小时内写出事故报告，报上述所例部门。
3、涉及军民两方面的重大事故，重大事故发生单位在事故发生后，必须立及将所发生重大事故情况报告当地警备司令部或最高军事机关，并应当在二十四小时内写出事故报告，报上述单位。

《中华人民共和国道路交通安全法》第七十四条
规定：对交通事故损害赔偿的争议，当事人可以请求公安机关交通管理部门调解，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。经公安机关交通管理部门调解，当事人未达成协议或者调解书生效后不履行的，当事人可以向人民法院提起民事诉讼。