贷款抵扣购房款协议是否有效，主要看是否符合法律规定的有效要件。
我国法律规定，民事法律行为在符合以下条件时，有效：
第一，行为人具有相应的民事行为能力；
第二，意思表示真实；
第三，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
因此，如果该协议的双方当事人具有民事行为能力，意思表示真实，并且该协议的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗时，该协议即为有效。

《中华人民共和国民法典》第一百四十三条
【民事法律行为有效的条件】具备下列条件的民事法律行为有效：
（一)行为人具有相应的民事行为能力；
（二)意思表示真实；
（三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。