区别主要有时间、类型。
具体如下:
1、国债一般指期限在1年以上的债券，国库券一般是指期限在1年以下的债券。
2、（中长期）国债属于资本市场工具，是一种息票证券，国库券属于货币市场工具，是一种贴现证券（发行价采用贴现价格，即以低于票面金额的价格发行）。
3、国债分为记名的和不记名的，国库券是不记名国债。