公司是否有权退还基本股收回股东证视情况而定。
一般情况下，公司资本如果没有增资或者减资，股东的出资比例是不变的。如果是公司的净资产增减，则股东权益随之增减，但这只有在股权转让或者公司清算时有意义，否则只是会计处理上的问题。因此，不存在划分为所谓基本股和效益股问题。公司退还基本股而不退效益股的做法是没有法律依据的，且损害了股东权益。股东的权益基于出资而产生，它与劳动关系没有关系。但是如果股东与股东之间在公司成立之时或者认购公司股份之时，另有合同约定在特定情况下转让股份，只要不违反法律强制性规定，依法有效。

《公司法》第三十二条，有限责任公司应当置备股东名册，记载下列事项：
(一)股东的姓名或者名称及住所；
(二)股东的出资额；
(三)出资证明书编号。
记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。
公司应当将股东的姓名或者名称向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。