通常来讲，只要伤者还在住院治疗，这并不妨碍事故认定书的办理流程。
事故认定书的办理主要依赖于交通事故现场的详细勘查、各种检验鉴定工作所获取的相关证据，同时也得依据交通法规等一系列规定来进行。
当伤者尚未出院时，交警部门一般会基于已掌握的证据以及所进行的调查情况来着手制作事故认定书。
不过，如果伤者的病情确实有其特殊性，需要在特定的时间段内进行持续治疗或者观察，并且这种情况有可能对事故责任的认定产生影响，那么交警部门就会根据具体的实际情况，适当地对事故认定书的办理时间进行延期。
总而言之，伤者未出院并不能被视为阻止办理事故认定书的绝对条件，究竟该如何处理，必须要依据每个具体案件的实际情形，由交警部门进行全面、综合的判断和妥善的处理。

案情回顾:

小朱与小李发生交通事故，小朱受伤住院。交警勘查现场、进行检验鉴定后准备制作事故认定书，但小朱伤情复杂需多次手术及长期康复，其家属认为伤者未出院不应办理认定书，交警部门却认为可以办理，双方产生争议。

案情分析:

1、根据相关规定，事故认定书办理依赖现场勘查、检验鉴定等证据及法规，伤者住院通常不影响办理流程，交警部门按已有证据和调查情况制作认定书是合理的。
2、若伤者病情特殊，如小朱需长期治疗且可能影响责任认定，交警部门应根据实际情况延期办理，以保证认定结果公正合理。