还完债务后，结案申请的提交需依据具体案件情况，对应不同的主体来操作，以下为你详细说明：
一、民事案件
法院判决的案件：
当债务纠纷是通过法院诉讼的方式解决时，在债务还清之后，应向作出该判决的人民法院提交结案申请。
在准备结案申请时，要确保附上能够证明还款事实的相关凭证。
例如，若通过银行转账还款，需提供清晰的转账记录，包括转账时间、金额、收款方信息等；若以现金方式还款且对方出具了收条，收条上应写明收款金额、收款事由、收款日期以及收款人的签字等内容。
法院在收到申请及相关凭证后，会进行仔细的核实确认，只有审核通过后，才会对该案件进行结案处理。
法院调解的案件：
这种情况下，也需要向负责调解的法院提交结案申请。
在申请中，要清晰说明债务已经清偿完毕的具体情况，经法院再次确认无误后，即可完成结案程序。
二、非诉讼案件
自行协商解决的：
如果债务问题是双方自行协商得以解决的，一般来说，不需要专门去提交结案申请。
不过，为了防止后续可能出现的纠纷，一定要妥善保留好还款的相关证据，如聊天记录、还款凭证等。

案情回顾:

小朱与小李存在债务纠纷，小朱还清债务后，就结案申请提交问题产生争议。小朱认为向法院提交就行，小李觉得自行协商解决无需提交。小朱坚持称有必要，双方各执一词。

案情分析:

1、若此债务纠纷是法院判决的案件，小朱应向作出判决的人民法院提交结案申请，并附上证明还款事实的相关凭证，如转账记录、收条等，法院审核通过才会结案。
2、若为法院调解的案件，小朱需向负责调解的法院提交结案申请，说明债务清偿的具体情况，经法院确认无误后完成结案程序。
3、若为自行协商解决的非诉讼案件，一般无需提交结案申请，但小朱要保留好还款相关证据。