根据医疗事故处理条例以及相关法律法规的规定，合法收集医疗事故证据要注意以下几点：
第一，收集证据要注意运用各种现代科学技术手段；
第二，收集证据时要严格遵照法定的程序，严禁通过刑讯逼供的方式来收集证据。

《医疗事故处理条例》第一条
为了正确处理医疗事故，保护患者和医疗机构及其医务人员的合法权益，维护医疗秩序，保障医疗安全，促进医学科学的发展，制定本条例。
第二条
本条例所称医疗事故，是指医疗机构及其医务人员在医疗活动中，违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规，过失造成患者人身损害的事故。
第三条
处理医疗事故，应当遵循公开、公平、公正、及时、便民的原则，坚持实事求是的科学态度，做到事实清楚、定性准确、责任明确、处理恰当。