基本医疗保险基金不支付的医疗费用有：
1、应当从工伤保险基金中支付的；
2、应当由第三人负担的；
3、应当由公共卫生负担的；
4、在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。

《社会保险法》第三十条下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
（一）应当从工伤保险基金中支付的；
（二）应当由第三人负担的；
（三）应当由公共卫生负担的；
（四）在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。
基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。