在我国法律的相关规定下，当孩子仅三个月大时父母选择离婚，一般而言，法院会把孩子的抚养权判给母亲。
以下为你详细分析：
一、遵循法律原则
《民法典》明确指出，离婚后，对于不满两周岁的子女，以母亲直接抚养作为原则。
这主要是考虑到两周岁以下的孩子，在生理和心理上都有其特殊需求。
他们通常更需要母亲的悉心照顾和母乳喂养。
母亲的陪伴能给予孩子在这个阶段所必需的安全感和关爱，有助于孩子的健康成长。
二、存在特殊情况
不过，也有一些特殊情况可能导致法院将抚养权判给父亲。
例如，母亲可能患有严重的疾病，这种疾病可能会影响到她对孩子的正常照顾和抚养；或者母亲虽然具备抚养孩子的条件，但却不尽抚养义务，对孩子的生活、成长不闻不问。
而此时，如果父亲一方既有抚养孩子的意愿，又具备相应的抚养能力，比如有稳定的收入、良好的居住环境等，法院在综合考量后，可能会将孩子判给父亲。
三、全面综合考量
法院在作出判决时，会综合多方面的因素。
始终从有利于孩子身心健康、切实保障孩子合法权益的角度出发，谨慎权衡各种情况，最终作出合理、公正的判决。
所以，通常情况下孩子会判给母亲，除非母亲存在特殊的不利情形。

案情回顾:

小朱和小李在孩子仅三个月大时选择离婚，双方就孩子抚养权产生争议。小朱主张自己应获得抚养权，小李则认为自己更适合抚养孩子。

案情分析:

1、根据《民法典》相关规定，不满两周岁的子女，以母亲直接抚养为原则。因三个月大的孩子在生理和心理上有特殊需求，通常更需要母亲悉心照顾和母乳喂养，所以一般会判给母亲。
2、若母亲存在特殊不利情形，如患有严重疾病影响照顾孩子，或不尽抚养义务等，而父亲有抚养意愿和能力，像有稳定收入、良好居住环境等，法院综合考量后可能会将抚养权判给父亲。
3、法院判决会从有利于孩子身心健康、保障其合法权益角度出发，全面权衡后作出公正判决。