人民法院在审理强奸案件的时候，如果人民法院在证据不足的情况下，判处被告人有罪的，法院的判决结果是存在错误的，被告人可以通过以下的方式进行翻供：
1、依据《刑事诉讼法》的规定，向上一级的人民法院提起上诉，上级人民法院在审查案件后，发现案件证据不足的，有可能作出改判或者将案件发回重审。
2、启动审判监督程序，向人民法院或者人民检察院提出申诉，受申诉的司法机关经审查后，确认案件证据不足的，一般会对案件进行重审。
3、人民检察院对案件判决结果进行审查的时候，如果发现案件证据不足，判决有错误的，会向人民法院提出抗诉，人民法院会组成合议庭审理案件，指令原审法院重新审理案件。

《刑事诉讼法》第254条
各级人民法院院长对本院已经发生法律效力的判决和裁定，如果发现在认定事实上或者在适用法律上确有错误，必须提交审判委员会处理。