机动车被盗后车主注销机动车的程序为：车辆所有人应当填写申请表，并提交车辆登记证书、车辆行驶证、车辆所有人的身份证明和机动车灭失证明，以及在境外使用车辆人的出境证明和海关出具的《中华人民共和国海关监管车辆进（出）境领（销）牌照通知书》等证明、凭证到车管所进行注销。

《机动车登记规定》第二十九条
属于本规定第二十八条第一款规定的情形，机动车所有人申请注销登记的，应当填写申请表，并提交以下证明、凭证：
（一）机动车登记证书；
（二）机动车行驶证；
（三）属于机动车灭失的，还应当提交机动车所有人的身份证明和机动车灭失证明；
（四）属于机动车因故不在我国境内使用的，还应当提交机动车所有人的身份证明和出境证明，其中属于海关监管的机动车，还应当提交海关出具的《中华人民共和国海关监管车辆进（出）境领（销）牌照通知书》。
车辆管理所应当自受理之日起一日内，审查提交的证明、凭证，收回机动车登记证书、号牌、行驶证，出具注销证明。