1、妻分居两年后，对方不同意协议离婚的，当事人还可以通过诉讼离婚方式解除夫妻关系，只要对方承认因为感情不和分居两年的事实就可以离婚。因感情不合分居后满两年，一方要求离婚的，调解无效，应当准予离婚。
2、分局居两年对方不愿意离婚的情况下，双方无法协议离婚，但另一方可以到法院起诉离婚，如果有证据证明夫妻双方感情确已破裂的，调解无效的，应当准予离婚。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。