关于有关货物运输合同纠纷案之司法管辖问题，首要考虑的是双方是否已经签署了具有法律效益且明确指定审判法院的管辖协议。
若存在这样的协议，则依据该协议规定的法院拥有专属管辖权。
反之，倘若并未达成类似共识，那么将依照法律授权来敲定审判法院的归属，可见，被告的所在地法院必定拥有管辖权。
其次，对于已经部分履行的合同，合同指向的履行地法院同样拥有管辖权。
而当合同尚未执行时，如果双方已经事先商妥把合同履行地设定在任一一方在合同中设定的住所地，那么这个事先确定的合同履行地法院便同样享有对本案的审理权。
然而，如若未能达到上述条件，合同履行地法院便无法介入本案件的审理过程。
最后，若合同并未真正实施，同时双方当事人的所在地也与合同约定的履行地区别较大，则须由被告的所在地人民法院负责处理相关事宜。
需要指出的是，由于涉及到铁路、公路、水路、航空等各类重要交通工具的运输以及各种形式的联合运输合同引起的诉讼案件，它们必须分别向运输始发地、目的地或者被告所在地点的法院提起诉讼。

《中华人民共和国民事诉讼法》第二十七条
因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。
《中华人民共和国民事诉讼法》的解释》第十八条合同约定履行地点的，以约定的履行地点为合同履行地。
合同对履行地点没有约定或者约定不明确，争议标的为给付货币的，接收货币一方所在地为合同履行地；交付不动产的，不动产所在地为合同履行地；其他标的，履行义务一方所在地为合同履行地。
即时结清的合同，交易行为地为合同履行地。
合同没有实际履行，当事人双方住所地都不在合同约定的履行地的，由被告住所地人民法院管辖。
《中华人民共和国民事诉讼法》的解释》第三十条根据管辖协议，起诉时能够确定管辖法院的，从其约定；不能确定的，依照民事诉讼法的相关规定确定管辖。
管辖协议约定两个以上与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，原告可以向其中一个人民法院起诉。
《中华人民共和国民事诉讼法》的解释》第三十二条管辖协议约定由一方当事人住所地人民法院管辖，协议签订后当事人住所地变更的，由签订管辖协议时的住所地人民法院管辖，但当事人另有约定的除外。