在抚养权归男方的情况下，通常是男方直接承担起抚养孩子的责任。
不过，在实际生活中，也存在由女方抚养孩子的情况，下面为你详细分析：
一、协商变更
男女双方基于各种原因，有可能协商一致，做出虽抚养权归男方，但实际由女方抚养孩子的约定。
比如，男方由于工作原因，需要长期在外地出差，无法给予孩子足够的日常陪伴和照顾；而女方的工作相对稳定，有更多时间和精力照顾孩子。
这种情况下，双方会就抚养费用等相关问题重新进行协商。
例如，男方可能需要根据自身经济状况和孩子的实际需求，确定每月支付给女方一定数额的抚养费。
同时，双方还会就孩子的教育、医疗等重大事项的决策方式达成共识，并签订书面协议，以确保双方的权益和孩子的健康成长。
二、法定变更
当男方出现某些不适宜直接抚养孩子的情形时，女方可以通过法律途径请求变更抚养关系。
例如，男方患上严重疾病，如重大传染性疾病，可能会对孩子的健康造成威胁；或者因伤残导致身体机能受限，无力继续为孩子提供良好的生活和教育条件；又或者男方不尽抚养义务，对孩子的生活、学习不闻不问，甚至有虐待子女的行为。
在这些情况下，女方可以向法院提起诉讼。
法院在审理后，若确认情况属实，会从孩子的利益出发，判决孩子由女方抚养。

案情回顾:

小朱和小丽离婚后，抚养权归小朱，但实际生活中孩子却由小丽抚养。争议点在于这种安排是基于双方协商还是法定变更。小朱因工作常出差，小丽工作稳定，双方曾协商由小丽抚养，后小朱又患严重传染病。小丽欲明确抚养关系。

案情分析:

1、从协商变更角度看，起初小朱因工作原因无法照顾孩子，小丽有时间精力照顾，双方协商由小丽抚养并就抚养费、重大事项决策等协商一致，签订书面协议是合理的。
2、从法定变更角度看，小朱患上严重传染病，可能威胁孩子健康，小丽可依法请求变更抚养关系，法院会从孩子利益出发，很可能判决孩子由小丽抚养。