1、法定性不一样。
公司章程依法是必须制定的；
而股东合伙协议则法律没有要求股东必须签署，在法律规定的范围内，股东合伙协议是可有可无的。
2、约束的对象不同。
股东合伙协议主要是对签署协议的各方股东有约束力；
而章程则是对公司、股东监事、高级管理人员具有约束力。
3、隐私保护程度不同。
股东合伙协议不需要公开，也不需要到公司登记部门备案，仅仅是在股东之间保存即可，具有较强的隐私性；
但在公司章程里备案的股东姓名、名称及在公司登记部门登记的股东姓名、名称可以不是真实的投资者。
4、约定的内容不一样。
公司章程主要的内容是应当载明下列事项：
公司名称和住所；
公司经营范围；
公司注册资本；
股东的姓名、名称；
公司法定代表人等等。
合伙协议的内容主要就是针对股东如何设立公司、设立公司的主营范围、公司经营期限、股东如何分红等事情。

《公司法》第十一条
设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。