依据我国现行有效的《中华人民共和国测绘法》第四十八条之规定，任何违反该法律相关规定，导致所完成的测绘成果质量达不到标准的，都将被责令由负责测绘工作的单位进行补测或重新测量，对于情节较为严重者，将被处以停业整顿的严厉处罚，同时降低其相应资质等级，甚至可能会被吊销其持有的测绘资质证书。若由于这些因素导致用户遭受经济损失的，测绘单位还须依法承担相应的赔偿责任。就本案而言，若由于仪器操作失误等原因，导致计算出的建筑面积与实际房产面积相差6平方米，那么在这种情况下，要求测绘机构进行赔偿是否合理，需要进一步分析。通常来说，测绘成果都有国家规定的误差限制，只要测绘结果未超出此误差范围，便不能视为测绘单位的过失。然而，如果这6平方米的误差超过了国家规定的误差限制，那么要求测绘机构进行赔偿便是合理的。

《测绘法》第四十八条违反本法规定测绘成果质量不合格的，责令测绘单位补测或者重测；情节严重的，责令停业整顿，降低资质等级直至吊销测绘资质证书；给用户造成损失的，依法承担赔偿责任。