公司注销股东不配合的处理如下：
通过联合公司持股比例达到三分之二以上的股东人员召开股东会议进行投票表决是否同意注销公司，经公司所有股东的三分之二及以上的人员通过可以执行；
通过持有公司全部股权及表决权百分之十以上的股东向法院提出申请，请求人民法院解散公司。

《公司法》第一百八十二条
公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司。
第一百八十八条
公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。