在税务机关申报。去办税大厅要个税生产经营所得的申报表,表格背面有填写项目说明,按要求填写后到窗口申报即可。
个体工商户的个人所得税项目需要每个月申报，并在次月十五日内预缴。按月申报同按年的五级累进税率计算并不矛盾，因为每个月份都可以按累计的应纳税所得和税率表对应税率计算应纳税额，到年底就是12个月(全年)的累计数了。当然当月计算的应纳税额要扣除本月之前累计已缴数，才是当月实际应缴税额。

《中华人民共和国税收征收管理法》第十五条
企业,企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所,个体工商户和从事生产、经营的事业单位(以下统称从事生产、经营的纳税人)自领取营业执照之日起三十日内,持有关证件,向税务机关申报办理税务登记。税务机关应当于收到申报的当日办理登记并发给税务登记证件。
工商行政管理机关应当将办理登记注册、核发营业执照的情况,定期向税务机关通报。
本条第一款规定以外的纳税人办理税务登记和扣缴义务人办理扣缴税款登记的范围和办法,由国务院规定。