双方基于出轨为由签订的“净身出户”协议在法律层面上被视为无效。
根据相关的法律规定，协议要想被认定为有效，必须具备下列几个基本要素:
首先是行为主体应当拥有对应的民事行为能力;
其次是表达出来的意思须是真实的;
最后，该协议不得违反中华人民共和国现行有效的法律和行政法规的强制性规定，亦不能违背公共道德和善良风俗。
针对“约定离婚即净身出户”的这个特定协议，由于其主要目的在于对当事人的婚姻自由权进行了过度限制，触犯了我国法律的明文规定以及公共道德和善良风俗，被视为无效。
然而，即便离婚净身出户协议被判定为无效，它所产生的影响仅仅局限于此，对于其它部分条款的有效性并不会产生影响。

《民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。