分公司不注销对总公司是有影响的。
总公司对分公司有连带责任，不管债权债务，还是工商税务。分公司不去注销税务，不能如期申报，分公司就会上税务的黑名单，分公司对税务的罚款、处罚不处理，就会连带总公司上黑名单，导致总公司开票、报税都会出现问题。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。

《公司法》第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。