签署认罪认罚协议後，被申请撤销刑事案件的当事人仍然会留下犯罪记录，即所谓的“案底”。这是因为在司法实践中，若某人被判定犯下了刑律规定的罪行，那么无论他本人是否承认罪责、接受惩罚，他都会被视为犯罪行为人并记录在案，且这一记录将永久保留下来。
然而，犯罪嫌疑人和被告人如果积极配合调查和审判工作、认同所犯之罪以及愿意承担相应责任的话，是可以得到法律系统的适当宽大处理的。例如，若他们满足快速审判程序所设定的严格条件时，法律系统将会在最短时间内对其进行判决，通常为十天之内。因此，尽管认罪认罚不起诉可以依法获得从轻处罚，但当事人仍会留下犯罪记录。

《刑事诉讼法》第十五条
犯罪嫌疑人、被告人自愿如实供述自己的罪行，承认指控的犯罪事实，愿意接受处罚的，可以依法从宽处理。