在通常情况下，自愿达成的补偿协议会被视为有效文件，但欲达到此种效果，需满足特定的前提条件。
首要原则为，参与签订该协议的一方或多方需在协议签署时具有完全的民事行为能力，同时要求相关人员间的意思表示须真实且统一。
其次，补偿协议的具体内容必不能与现行法律法规中的强制性规定相冲突，亦不能有违社会公共道德和善良风俗的基本准则。
若补偿理由真实可行并具有充分合理性，补偿方式与结算金额等关键条款明确易懂，并无任何诸如欺骗、压迫等能使协议生效过程产生瑕疵的情形发生，便意味着这种自愿达成的补偿协议将被认定为有效，对协议各方均具有法律上的约束效力。
然而，若协议中出现了重大误解、明显不公等问题，当事人有权在一定时间范围内向当地人民法院或仲裁机构提出申请，请求对协议进行修改或撤销。