处理无效协议时，需遵循一系列步骤来维护当事人合法权益：
1.确认无效范围和性质：仔细审查协议内容，明确是整体无效还是部分条款无效。
例如，若协议中某一条款违反法律法规强制性规定，可能仅该条款无效；若核心条款违法，则可能导致整个协议无效。
2.停止履行协议：双方一旦确认协议无效，应即刻停止基于此协议的所有行为。
比如停止货物交付、款项支付等，防止损失进一步扩大。
3.恢复原状：尽可能让双方回到协议签订前的状态。
如一方已交付财产，另一方应予以返还；若对财产进行了改动，应恢复其原有状态。
4.赔偿损失：根据过错情况承担责任。
若一方过错导致协议无效，需赔偿对方损失；双方都有过错，则按各自过错程度分担。
5.保留证据：妥善保存与协议相关的各类证据，像合同文本、往来邮件、支付凭证等，为可能的法律纠纷做准备。
总之，处理无效协议要谨慎，严格依法行事。

案情回顾:

小朱与小李签订合作协议，其中部分条款涉及违法操作。后双方发现协议可能无效产生争议，焦点在于该协议是部分无效还是整体无效，且对于停止履行、恢复原状等后续处理步骤存在分歧。

案情分析:

1、关于无效范围和性质，需审查协议具体内容，若仅个别条款违法，一般为部分无效；若核心条款违法，则可能整体无效，以此确定此协议的无效情况。
2、确认无效后，双方应停止履行协议相关行为，避免损失扩大，如停止货物交付和款项支付等。
3、要尽力恢复原状，若一方交付财产，另一方需返还，财产有改动应恢复原有状态。
4、根据过错承担赔偿责任，若一方过错致协议无效，应赔偿对方损失；双方均有过错，则按过错程度分担。
5、双方应保留合同文本、往来邮件等相关证据，以备可能的法律纠纷。