当个人与公司签订的承包合同被判定为无效时，通常会依据双方的过错程度来进行妥善处理。
如果双方都存在过错，那么就需要各自承担相应的责任。
这意味着双方都要为合同的无效承担一部分后果，各自承担与其过错程度相适应的责任份额。
而如果只有一方有过错，那么这过错方就应当对对方因合同无效而遭受的损失进行赔偿。
比如，过错方可能导致了对方在合同履行过程中产生了额外的费用支出，或者失去了原本可以获得的利益等，都需要过错方进行赔偿。
具体的处理方式还包括，应当返还因合同取得的财产。
如果财产无法返还或者没有必要返还，就应当按照一定的标准进行折价补偿。
同时，还要考虑合同无效是否会引发其他的法律后果，像如果涉及到行政违法的情况，可能就会受到相应的行政处罚。
总之，在处理这种合同无效的情况时，不能一概而论，必须根据具体的实际情况进行综合的判断和妥善的处理，这样才能最大程度地维护各方的合法权益，避免出现不必要的纠纷和损失。